O Recife concentra boa parte da base científica e tecnológica do Estado de Pernambuco. A estrutura está organizada em torno das universidades e dos institutos de pesquisa que se localizam no município; ratificando a cidade enquanto centro da produção intelectual de excelência no Nordeste.
No Recife estão localizadas quatro universidades – Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Universidade de Pernambuco (UPE), Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), Universidade Católica de Pernambuco (Unicap) – e várias outras instituições de ensino superior. Além destas instituições, também estão localizadas na capital pernambucana, o Instituto Tecnológico de Pernambuco (Itep), o Instituto de Pesquisa Agropecuária (IPA), a Fundação de Hematologia e Hemoterapia de Pernambuco (Hemope), o Centro de Tecnologias Estratégicas do Nordeste (Cetene/MCT), o Laboratório Farmacêutico de Pernambuco (Lafepe), o Centro Regional de Ciências Nucleares (CRCN), o Centro de Pesquisas Ageu Magalhães (CPqAM) e a Fundação Joaquim Nabuco (Fundaj).
De acordo com dados do Programa de Apoio a Núcleos de Excelência (PRONEX) do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Pernambuco conta com cinco dos 206 centros de excelência do Brasil nas áreas de química, física e informática, o que representa quase metade dos 12 centros instalados no Nordeste, mais do que a soma dos existentes na Bahia e no Ceará.
Pernambuco tinha, até o ano 2000, a maior concentração de pesquisadores do Nordeste, com um total de 2.224 pesquisadores ativos, bem acima da Bahia, segundo colocado, com apenas 1.628 pesquisadores. Em oito anos, de 2000 a 2008, o número de pesquisadores em Pernambuco praticamente dobrou, chegando a 4.018 pesquisadores ativos, resultado de um crescimento médio de 7,7% ao ano. Mesmo assim, em 2008, Pernambuco perdeu a primeira posição para Bahia, que deu um grande salto no período, chegando em 2008 a quase seis mil pesquisadores (50% acima de Pernambuco).
Em 2008, o Estado Pernambuco tinha o 2º maior contingente de pesquisadores do Nordeste, abaixo apenas da Bahia, concentrando 19,5% dos pesquisadores do Nordeste e cerca de 3,5% do total do Brasil; oito anos antes, no ano 2000, esta participação era bem maior, vale dizer, 28,1% do total regional e 4,4% dos pesquisadores do Brasil.
Como o Estado da Paraíba também tem uma grande densidade de pesquisadores, detendo o terceiro maior número, o eixo Recife-João Pessoa-Campina Grande exerce uma clara liderança regional em capacitação científico-tecnológica (juntos, Pernambuco e Paraíba, têm 6.643 pesquisadores ativos). Embora seja o terceiro lugar em termos absolutos, o Estado da Paraíba se destaca no Nordeste no índice de pesquisador por milhão de habitantes. A Paraíba tem 720,9 pesquisadores por milhão de habitantes, indicador quase igual ao de São Paulo (com 727 pesquisadores por milhão de habitantes) e acima da média nacional; Pernambuco ficou em terceiro lugar na Região, com 473,5 pesquisadores por milhão de habitantes, posição bem abaixo da ocupada pela Paraíba e pelo Rio Grande do Norte.